Criado em 1º de Janeiro de 1991, situa-se na histórica Fortaleza de São João, no Bairro da Urca - Rio de Janeiro. Diante da modernização da Educação Física e do esporte no país, o CCFEx proporcionou a interdisciplinaridade entre o ensino, a pesquisa, o desporto e a saúde no âmbito do Exército. Constituiu-se inicialmente de Comando, Escola de Educação Física do Exército, Comissão de Desportos do Exército, Bateria de Artilharia de Costa e Núcleo do Instituto de Pesquisa da Capacitação Física. . 

     No ano de 1995, a Chefia do CCFEx passou a ser exercida por oficial-general, juntamente com os cargos de Presidente da Comissão de Desportos do Exército e de Comandante do Complexo da Fortaleza de São João.

     Em 2002, com a reorganização do Departamento de Ensino e Pesquisa, atual DECEx, o antigo CCFEx/FSJ, como Órgão de Apoio, foi transformado em Diretoria de Pesquisa e Estudos de Pessoal (DPEP). Sua estrutura e missão foram ampliadas até a nova transformação, em 2012, no atual Centro de Capacitação Física do Exército e Fortaleza de São João.